Der Name des Ortes scheint 1556 als „Guettenprun“ erstmals auf. Er bezieht sich auf eine Quelle, die besonders von Wallfahrern gerne besucht wurde. Das Schloss ist jedoch wesentlich jüngeren Datums. Es wurde in den Jahren 1771 bis 1785 durch Josef von Fürnberg errichtet. Da Gutenbrunn dem gleichfalls von Fürnberg errichteten Schloss Luberegg ähnelt, lässt dies den Schluss zu, dass an beiden Objekten derselbe Architekt tätig war. Fürnberg war wohl der größte Holzhändler der Monarchie und nutzte u. a. die riesigen Wälder des benachbarten Weinsberger Forstes. Gutenbrunn gehörte ursprünglich zu seiner Herrschaft Pöggstall und wurde erst 1782 von ihr abgetrennt. Als 1791 Kaiser Franz I das Gut mit Einkünften seines Privatvermögens erwarb, schloss er es seiner Herrschaft Persenbeug an. Es wird berichtet, dass der Kaiser die eisenhaltige Quelle, der man immer schon Heilkräfte zugeschrieben hatte, mehrmals zur Kur aufsuchte. Gutenbrunn zählte mit Persenbeug zum Familienbesitz der Habsburger. Es wurde daher nach dem Zusammenbruch der Monarchie nicht verstaatlicht und gehört auch heute wieder dem auf Schloss Persenbeug lebenden Zweig dieser Familie, nachdem es nach dem Zweiten Weltkrieg von den Österreichischen Bundesforsten verwaltet worden war. 1969/70 fand eine umfassende Generalrenovierung des in der Nachkriegszeit stark verwahrlosten Schlosses statt. In ihm ist eine Forstverwaltung untergebracht. Die übrigen Räume sind zum Großteil vermietet.